Η κλήρωση των πρώτων τεσσάρων φάσεων του Κυπέλλου, που έγινε το μεσημέρι του Σαββάτου (13/10), φέρνει – αν δεν υπάρξουν εκπλήξεις – δύο διπλά ντέρμπι σε Αθήνα και Θεσσαλονίκη τον Ιανουάριο του 2013. Για τη φάση των «16» (4^η φάση) ο Ολυμπιακός θα αναμετρηθεί με την ΑΕΚ και ο Αρης με τον ΠΑΟΚ!

Η διοργάνωση του Κυπέλλου ξεκινά στις 23, 24 και 25 Οκτωβρίου, με ένα μήνα καθυστέρηση σε σχέση με το καλοκαιρινό πλάνο, με συμμετοχή των ομάδων της Football League και της Football League 2 σε νοκ-άουτ αγώνες (αν και αρχικά στο πλάνο υπήρχαν μόνο οι δεύτερες).

Ακολουθεί η 2^η φάση επίσης με συμμετοχή των ομάδων των δύο χαμηλότερων κατηγοριών, επίσης σε νοκ-άουτ αναμετρήσεις, πριν μπουν οι 16 ομάδες της SuperLeague στην 3^η φάση, η οποία περιλαμβάνει διπλούς αγώνες. Οι πρώτοι στις 28/29 Νοεμβρίου και 12-13 Δεκεμβρίου και οι ρεβάνς στις 19, 20, 22 και 23 Δεκεμβρίου.


 Στη συνέχεια, στη φάση των «16», αν δεν υπάρξουν εκπλήξεις και όλες οι ομάδες της SuperLeague πάρουν την πρόκριση, τα ζευγάρια που θα σχηματιστούν είναι τα ακόλουθα (σε διπλούς αγώνες):
Αρης - ΠΑΟΚ
Ολυμπιακός - ΑΕΚ
Λεβαδειακός - Κέρκυρα
Παναθηναϊκός - Πλατανιάς
Βέροια - Ξάνθη
ΟΦΗ - Πανθρακικός
ΠΑΣ Γιάννινα - Πανιώνιος
Ατρόμητος - Αστέρας Τρίπολης
Τα πρώτα ματς θα διεξαχθούν στις 9, 10, 16 και 17 Ιανουαρίου 2013 και οι ρεβάνς στις 23, 24, 30 και 31 του ίδιου μήνα.

Αναλυτικά το αποτέλεσμα της κλήρωσης:

1Η ΦΑΣΗ (ΜΟΝΟΙ ΑΓΩΝΕΣ ΣΤΙΣ 23-24-25/10/2012)

1 Ρούβας - Εθνικός Γαζώρου
2 Αχαρναϊκός - Λάρισα
3 Οδυσσέας Κορδελιού - ∆όξα ∆ράµας
4 Κασσιόπη - Αναγέννηση Γιαννιτσών
5 Προοδευτική - ΑΕΠ Ηρακλής
6 Κόρινθος - Απόλλων Σµύρνης
7 Αναγέννηση Καρδίτσας - Ηρακλής Ψαχνών
8 Χανιά - Φωκικός
9 Καλαµάτα - Θρασύβουλος
10 Επισκοπή - Βύζας Μεγάρων
11 Παναιγιάλειος - Παναιτωλικός
12 Εθνικός Αστέρας - Καλλονή
13 Τηλυκράτης - Νέα Καβάλα
14 Πανηλειακός - Παναχαϊκή
15 Βατανιακός - Νίκη Βόλου
16 Ακαδηµία Πλαταµώνα - Εργοτέλης
17 Εθνικός Σιδηροκάστρου - Αναγέννηση Επανοµής
18 Γλυφάδα - Πανσερραϊκός
19 ∆όξα Κρανούλας - Πιερικός
20 Αστέρας Μαγούλας - Ολυµπιακός Βόλου
21 Απόλλων Καλαµαριάς - Καλλιθέα
22 Φωστήρας - Ζάκυνθος
23 Τύρναβος - Οικονόµος Τσαριτσάνης

2Η ΦΑΣΗ (ΜΟΝΟΙ ΑΓΩΝΕΣ ΣΤΙΣ 30-31/10/2012 & 1/11/2012)

24 Νικητής αγώνα 20 - Νικητής αγώνα 12
25 Νικητής αγώνα 18 - Νικητής αγώνα 3
26 Νικητής αγώνα 17 - Νικητής αγώνα 23
27 Νικητής αγώνα 9 - Νικητής αγώνα 10
28 Νικητής αγώνα 13 - Νικητής αγώνα 11
29 Νικητής αγώνα 4 - Νικητής αγώνα 15
30 Νικητής αγώνα 22 - Νικητής αγώνα 8

3Η ΦΑΣΗ (1Η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: 28-29/11/2012 & 12-13/12/2012, 2Η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ:19-20-22-
23/12/2012)

31 Πανθρακικός - Νικητής αγώνα 29
32 Νικητής αγώνα 28 - ΑΕΚ
33 Νικητής αγώνα 1 - SKODA Ξάνθη
34 Νικητής αγώνα 30 - Πανιώνιος
35 Βέροια - Νικητής αγώνα 27
36 Νικητής αγώνα 26 - Κέρκυρα
37 ΠΑΣ Γιάννινα - Νικητής αγώνα 25
38 Ολυµπιακός - Νικητής αγώνα 14
39 Λεβαδειακός - Νικητής αγώνα 19
40 Νικητής αγώνα 16 - ΠΑΟΚ
41 Νικητής αγώνα 24 - Ατρόµητος
42 ΟΦΗ - Νικητής αγώνα 6
43 Νικητής αγώνα 21 - Άρης
44 Πλατανιάς - Νικητής αγώνα 7
45 Νικητής αγώνα 2 - Αστέρας Τρίπολης
46 Παναθηναϊκός - Νικητής αγώνα 5

4Η ΦΑΣΗ (1Η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: 9-10-16-17/1/2013, 2Η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: 23-24-30-31/1/2013)

47 Νικητής αγώνα 43 - Νικητής αγώνα 40
48 Νικητής αγώνα 39 - Νικητής αγώνα 36
49 Νικητής αγώνα 38 - Νικητής αγώνα 32
50 Νικητής αγώνα 46 - Νικητής αγώνα 44
51 Νικητής αγώνα 35 - Νικητής αγώνα 33
52 Νικητής αγώνα 42 - Νικητής αγώνα 31
53 Νικητής αγώνα 37 - Νικητής αγώνα 34
54 Νικητής αγώνα 41 - Νικητής αγώνα 45